《霸王别姬》是导演陈凯歌的第5部影片，它选择中国文化积淀最深厚的京剧艺术及艺人的生活，细腻地展现了对传统文化、人的生存状态及人性的思考与领悟，是两岸三地电影人合作拍片最成功的代表作之一，也是中国电影雅俗共赏的典范作品。影片充满激情地叙述了一个延续半个世纪的故事，内中二男一女的情感纠葛，同性恋与异性恋的冲突，极具张力地展示了人在角色错位及灾难时期的多面性和丰富性。不仅具有纵深的历史感，更将小人物的悲欢离合掺着半个世纪以来的中国历史发展盘旋纠错地展现出来，兼具细腻的男性情谊与史诗的格局。
"霸王别姬"本是一幕历史逸话，而在这里，它演变成一段梨园的血泪，一缕梨园的风气，一幅时代的画卷，一个历史的烙印。主人公也由两个痴情男女变换为两个相互重叠的男人--段小楼与程蝶衣，他是花脸，他是青衣，他的坚毅和他的温柔，他的唇吻轮廓刚毅凝固，他的眼角眉梢爱意满溢，他是叱咤纵横的霸王，他是从一而终的虞姬。也许什么都不是，只是那一个苍凉的手势--天黑前最后一幕灰蓝，是那个特定时代的风花雪月，是那些随风飘远的红颜遗事……
《霸王别姬》改编自香港女作家李碧华的原著小说，描述的是新旧社会梨园里一段凄婉悱恻的"爱情"故事，影片并不着重记述风云变幻的世事更迭，而是以野史般的笔触渲染近半个世纪的一段情愫……它描述了老北京的两个京剧艺人在时光流转的岁月中，在艺术上、心灵上的阴晴圆缺，以及那被情感爱恨纠缠的欲说还休的迷离人生……
20世纪20年代，9岁的小豆子随着做妓女的母亲来到关家科班，恳求关师傅收留他学京戏。小豆子眉清目秀，却长了六指。六指是不能当京剧演员的，母亲狠下心来用刀切掉他那根畸形的指头，因疼痛和惊惧而惨叫的小豆子被按倒在祖师爷的香案前完成了入梨园行的仪式。
同科班的孩子虽然都出身贫寒，却都歧视这个妓女的儿子。惟有大师兄小石头对他怜悯关照，豪情仗义的小石头成了小豆子的偶像和保护神。
关师傅让小豆子学坤角，让他念"我本是女娇娥，又不是男儿郎"，虽然对于这种性别颠倒的意识他曾做过本能的抗拒，但在戏院这种环境的潜移默化的渗透下，小豆子最终接受了"女娇娥"的角色。
在棍棒的威逼之下，小石头、小豆子的技艺有了长足进步，第一次在太监家唱堂会合演《霸王别姬》获得满堂彩。不久他们都成了红极一时的名角，小石头艺名段小楼，小豆子艺名程蝶衣。他们的演出也获得了热衷于"捧角"的权势人物袁四爷的青睐。慢慢地，程蝶衣的内心发生了变化，他对自己的身份产生了混淆之感，"戏如人生，人生如戏"，他对师兄的友情逐渐发展为同性之爱，在他的心里，段小楼就是霸王，自己就是虞姬。他和师兄相约要演一辈子《霸王别姬》。
可是，一个青楼里的风尘女--菊仙的出现，改变了这种现状，她对段小楼以身相许，使程蝶衣的理想被践踏，他把自己用屈辱换来的、师兄向往已久的名贵宝剑赠给了段小楼，并声称同师兄分道扬镳。然而在关师傅的召唤下，师兄弟二人再次合作。
抗战胜利了，国民党伤兵大闹戏院，抓走蝶衣。为救蝶衣小楼和菊仙四处奔走，但由于误解，二人再度分手。
文化大革命爆发了，段小楼成了牛鬼蛇神。在群众斗争大会上，师兄弟和其他挨斗者一律戏妆示众，小楼忐忑不安，蝶衣却宛如当年那样精心为霸王色脸。在造反派的威逼审讯下，师兄二人相互揭发"罪行"。段小楼首先被迫揭发蝶衣，将他历史上的丑行和美丽的幻想都作为"罪行"抖露出来。震惊而惶惑的蝶衣以牙还牙，他认为小楼背叛的根源在于菊仙，大骂菊仙是"臭婊子"。段小楼又被迫表白："她是妓女，我不爱她。"菊仙承受不了打击，最终上吊自尽。
时光总要流逝，一切都成为往事，"四人帮"被打倒了，程蝶衣和段小楼在分离了22年的舞台上最后一次合演《霸王别姬》，程蝶衣唱罢最后一句，用他送给段小楼的那把注满他感情和幻想的宝剑自刎了，结束了自己的演艺生涯，最终实践了他的人生和艺术理想，虽然那理想是已经破碎了的。