钱玄同的身世颇为奇特，对于今天的人来说，大家所熟悉的物理学家钱三强，是钱玄同的二公子。
钱玄同出生的时候，父亲已经65岁，难怪会有一个大34岁的大哥钱恂。父亲死时，钱玄同还小，长兄为父，因此他对大哥钱恂很畏惧，钱恂是晚清的名人，曾在日本、俄国、法国、意大利、荷兰等国做过外交官，知道满人怎么回事，所以思想颇开放。钱玄同是章太炎的弟子，上世纪30年代初，他已经是很有名的教授，章太炎来北京讲学，他执弟子礼甚恭，马前鞍后唯唯诺诺，亲自为老师翻译，因为章的浙江话，很多北方同学听不懂。他的这种举动，一时传为尊师的美谈。其实他也只是做做样子，根据旧的家法，像他这种有违教诲的弟子，早就应该逐出师门。
当时不少学者都激烈偏执，但像钱玄同这么极端，还真不多见。他自号“疑古玄同”，对过去的大师，常持坚决否定态度。作为古文派大师章太炎的入室弟子，钱玄同受老师影响，有非常高的古文经学造诣，然而他后来也拜今文经学大师崔适为师，并自称“乃始专宗今文”。实事求是地说，对于古文和今文，钱玄同都是背离师门的逆徒。20年代初，钱玄同和大学刚毕业的顾颉刚讨论今古文，以《聊斋志异》上的故事举例，说明他们这一代学人治学应该有的态度。书生桑生先后接纳了两名女子，这两个不安分的女人，老是互相攻击，一个说对方是鬼，一个说对方是狐，桑生起初以为她们只是妒忌，说着玩玩，经过一段时间的考验，发现她们果然是鬼是狐，事实证明两个女人说得都对。这个故事正好可以用来面对今古文之争，今文学家说古文经过刘歆伪造，说得是对的；古文学家说今文不符合孔子的意思，也是对的。因此，现代学人今天要做的事情，就是用古文学家的观点来批评今文学家，用今文学家的观点批评古文学家，从相互指责之中，把各自的假面目戳破。
钱玄同的旧学十分了得，像他这样的弟子，做老师的想恨都恨不起来。他提倡废除古文，甚至要废除汉字，不是因为自己不行，而是为了要让后人学起来方便，是纯粹为后人着想。钱玄同能写一手漂亮的隶书和篆字，曾用小篆抄写章太炎的《小学问答》刻印出版，这事遭到了鲁迅的指责，认为像他这样激烈的人，不该这样复古。
人本事大了，难免恃才傲物，章太炎就常常不可一世，他的几位弟子，老实说脾气都不小，搁一起便磕磕碰碰。先是大弟子黄侃和几位闹文学革命的师弟斗气。30年代初，章太炎带着黄侃到北京讲学，钱玄同对老师毕恭毕敬，小心翼翼，对师兄却根本不买账。有一天，在章太炎住处，黄侃开玩笑地对钱玄同说：“二疯，你来前，我告你!你可怜啊!先生也来了，你近来怎么不把音韵学的书好好地读，要弄什么注音字母，什么白话文。”钱玄同顿时翻脸，拍着桌子厉声说：“我就是要弄注音字母，要弄白话文，混账!”章太炎闻声赶来，哈哈大笑，排解说不许再争什么注音白话文，都给我念日语字母。章的意思十分明显，想想当年在日本一起学习的同门之谊，有什么好吵的。
钱玄同不仅和黄侃心存疙瘩，和鲁迅后来闹得也不愉快。他们既是师出同门，又一起在《新青年》上打打杀杀，临了却分道扬镳。众所周知，鲁迅写小说，是因为受一个叫金心异的人教唆，金心异就是钱玄同。那时候，鲁迅埋头古籍，整日抄古碑，是钱玄同把鲁迅从古书堆里拉了出来，促使他成为新文化的一名旗手。可是钱玄同似乎更愿意和周作人做朋友，对鲁迅则敬而远之。鲁迅死了以后，钱玄同写文章纪念，不愿多谈对方的不是，然而对鲁迅情书中提及他的那几句话，依然耿耿于怀。因此，他只说他们之间曾经很投机，说鲁迅“治学谨严”，但是“多疑，轻信，迁怒”。对于曾经大吵过一架的黄侃，在他死后，钱玄同的评价是“小学本师传”、“文章宗六代”，说他是同门中的“隽才”，这里面显然有客气的成分，因为毕竟走的不是一条路。道不同，则不相为谋。
客观地说，钱玄同和鲁迅还应该算是同路人，他们的方向大致相同，只是在小岔道上有些分歧。人各有志，钱玄同的奋斗目标，和刘半农一致，是语音方面的革命。刘半农带着大批科学仪器，从法国载誉归来，钱玄同曾非常激动，因为他们才是真正的知音。