文章被Molecular Psychiatry杂志接受经验分享

　　我这篇文章做的是双向情感障碍的遗传学分析和进化研究，我们通过大规模欧洲样本（N60000）鉴定了一个新的双向情感障碍的易感基因（基因内的很多SNP位点与双向情感障碍显著相关），而且这些SNP位点在欧洲健康人群中与双向情感障碍疾病的中间表型（海马体积和海马功能）显著相关，并且这些SNP位点与易感基因mRNA表达水平在血液和大脑组织中都明显相关。为了验证这些SNP位点在中国人群中是否与双向情感障碍相关，我们首先从千人基因组数据库中提取了这些SNP位点信息，令我们感到惊奇的是，这些SNP位点在中国人群中并不呈现多态性，甚至是世界上大部分人群都不存在多态性，而在欧洲人群中衍生出来的新的等位基因能够增加双向情感障碍发病的几率。因此，我们进一步猜想为何这些SNP位点在欧洲人群特异产生并引起疾病的发生，之前的研究有报道过精神疾病可能是人类受到强烈正选择所导致的副产物，那么这些SNP位点（或者叫该易感基因更准确一点）是否在人群中受到自然选择呢，通过分析千人基因组数据我们发现，该易感基因A在欧洲人群并没有强烈的自然选择信号，相反，它临近的基因B在欧洲人群则受到强烈的正选择，而B基因在其它人群则没有正选择信号，因此，A基因内的易感SNP位点可能是由于受到B基因的genetic hitchhiking效应而产生的，也验证了前人的理论，即人群中正选择可能会导致一些复杂疾病的发生。

　　说来线个月的时间，其实相对大部分文章来说，工作时间算是很短的了。在去年实验室的工作报告上，我的导师说由于前年实验室的花销太大（我一个人一年时间做实验花了近60万），所以在接下来两年实验室会缩减经费使用。想想我都已经博二下学期了，不做实验就不做实验吧，不过可以做的课题还是要思考的，我在网上的双向情感障碍的数据库中注意到了我现在所研究的基因A，发现一些有意思的现象，并假设了其与疾病和进化的关系（虽然与最终成立的猜想有些出入），不过现有的数据库内容仍非常有限，因此我开始通过email联系欧美的研究小组，他们手中都有我需要的样本以及数据，幸运的是，他们当中大部分人都回复了我的邮件并且很愿意与我们合作，随后，一个德国的教授非常热心的告诉我，她们手中可能有其它的数据能进一步支持我们的假设，问我们是否愿意要她们的结果，她们的结果也成为后来支持我们的假设的一部分重要数据。在这个研究中，我们全都是利用网上的数据或者通过合作使用其它实验室的数据，在这方面，可能国外科研人员相对国内要开明一点，他们很乐意合作。

　　在文章撰写方面，也花费了很长时间，用了近5个月的时间，如何才能把数据更好的展现出来是我当时最大的难题。还有一个插曲，虽然当时我们已经拿到了所有的数据，不过我们的进化方面的猜想有些不准确，可以从数据中看出来，当时我和我的导师并没有发现这个问题，虽然那个假设不准确，但是也有很多数据支持那个假设，这也是我们开始没注意的主要原因。后来文章写完了，我的导师在重新看数据的时候，发现了其中的问题，让我仔细思考一下并扩大一下分析范围，我重新分析之后得出了现在的结论，也解开了之前的疑问。因此，我们几乎是全部抛弃了之前已写好的文章，重新撰写，反反复复阅读别人的文献看他们是如何写这方面的文章的，花了近1个月的时间，我的导师改完之后，又交给我们研究所的理文编辑（一个美国人）修改，帮忙做一些语言上的润色，随后，为了确保我们的文章没有什么纰漏，我又邀请我即将工作的博后老板（美国医学科学院院士）帮我们进一步修改和提建议（语言和研究内容），在我博后老板的手上放了1个多月的时间，进度有点慢，不过却是值得的，我的博后老板提了一些很有帮助的意见。这样，在11月中旬我们将这篇文章定稿，并且投到了精神疾病领域的top journal：Molecular Psychiatry。

　　在投稿杂志的选择上，我们开始倾向于投American Journal of Human Genetics，不过后来因为研究结果方向发生了偏移，我建议导师投精神病学领域的杂志，开始我想投American Journal of Psychiatry，因为从我们已有的投稿经来说，American Journal of Psychiatry审稿时间短，编辑也相对nice一点，而Molecular Psychiatry则相对picky一点，而且一般来说审稿周期很长（超过半年）。不过在这一点上我的导师坚持投Molecular Psychiatry，他的想法是这个杂志的影响力更大一点，虽然影响因子不差多少，而且American Journal of Psychiatry更偏向于临床研究。就这样，在去年的11月14号我将文章投到了Molecular Psychiatry上面，这篇文章包含了超过50个共同作者30多个合作单位，在输入作者名字时也花了一个多小时的时间。

　　令我惊奇的是，这篇文章在11月15号就寻找审稿人，11月16号就开始进入审稿状态了，这样一来，可能审稿周期就会缩短很多了，在1月16号的时候，文章仍处在in review的状态，我的导师发了一封email询问文章的状态，编辑部很快就回信说文章已经审稿结束，编辑部马上就会handle这篇文章，相信你会在未来几天收到这篇文章的决定。在1月18号的时候，编辑部给我的导师发了decision letter（见下）：

　　Thank you for allowing us to review your manuscript **, which has undergone peer review. Comments from the peer review process can be found below.

　　Unfortunately, the comments indicate that as it stands, your manuscript could not successfully compete for space with other articles recently submitted to us. As it necessitates what the editorial office considers significant revision, we cannot consider your article as it stands for publication in Molecular Psychiatry.

　　If you choose to substantially revise the paper according to the reviewer comments below, you may resubmit it to Molecular Psychiatry. However, bearing in mind the nature of the reviewer comments, should you choose to resubmit a revision, acceptance is not guaranteed. The editorial office will review the resubmission and decide on a case-by-case basis whether to pursue consideration further.

　　我的导师说这相当于一个reject and resubmit，一共两个审稿人，第一个审稿人提了9个问题，第二个审稿人提了3个问题，都很容易回答，并且这两个审稿人都很positive，不过主编看起来并不是很热情，我们也对此很担心。不过，我还有一种想法就是，好的杂志都是很傲娇的，即使它最终会录取你的文章，也会表现的比较矜持一点，像我以前在American Journal of Psychiatry上发表的一篇文章，一审结果是major revision，编辑部在发给我们的decision letter中也不热情，并说如果你觉得问题比较难回答，可以投其它的杂志，不过如果你想重投回我们的杂志，我们也很欢迎，虽然我们并不保证会最终录用。题外话结束，在和其它的合作者通过email讨论结束后，我们于1月28号将文章和response to reviewers重投回了Molecular Psychiatry，接下来又是一个相对漫长的等待（投稿记录见上面那个图），在2月21号审稿结束，并且在编辑部放了半个月时间，这期间我的心一直是悬着的。

　　在刚刚看到文章的状态时，我明显感觉到心跳加快，激动过后，其中的心酸也涌上心头。从我读研究生开始，就一直羡慕那些在molecular psychiatry上发表文章的人，也希望能在上面发表一篇自己的文章，从投第一篇文章开始，到现在也在这个杂志上投过6-7次稿了，其中只送审过2次，并且都没有给修改机会，那些辛酸史不提也罢。这次能够一击即中，很激动很欣慰也伴随着一点点心酸。

　　（1）在写文章的时候千万不可操之过急，做实验分析数据花费那么多的时间都熬过来了，万不可在写文章的时候徒快急着投稿，结果文章写的比较零散突出不了研究的新颖和重点。我这篇文章写作时间是花费时间最长的，投稿结果也是最好的，有的时候你写完的文章放两个星期，重新来读，会发现其中存在很多问题；另外，找另一个类似研究领域的人帮你阅读修改文章可能更有好处，他会提出很多你可能没有想到的问题。